La prueba documental más antigua que se ha encontrado sobre la existencia de la Cofradía de la Santa Vera Cruz de Bilbao está datada el 2 de Abril de 1.554 y consiste en el acta de presentación de unas nuevas reglas que pasasen a regir la vida de la cofradía, es este año de 1.554 el que se toma de referencia para fijar de forma oficial la fundación de la Vera Cruz en Bilbao, como no podría ser de otro modo.
Sin embargo, de una lectura pormenorizada de los artículos que aparecen reflejados en estas ordenanzas, podemos sacar una conclusión bien distinta.
El artículo 1º reza lo siguiente: “Primeramente hordenaron e mandaron que en la Santa Confradia de la Bera Cruz de los disçiplinantes e penitentes se celebrase en la iglesia de los señores sanjuanes de esta noble villa de Bilbao y en el altar que esta el santo cruçifico con su retablo que esta a la parte donde se dize el evangelio y pegado al relicario del santo sacramento. La qual se çelebro e se acordó de lo hazer ansi a catorze días del mes de setiembre de mil e quinientos e cincuenta e tres años el dia de la exaltazion de la cruz que fue el dilubio en esta villa de Bilbao e acordaron que este presente año fuesen los mayordomos para el serbiçio de la dicha santa confradia de la bera cruz san juan de heguia y francisco de goiti y juan de Icaza e juan de gamiz vecinos e parrochianos de esta villa de Bilbao e de la iglesia de los señores sanjuanes en donde esta instituido la dicha santa confradia”. De lo anterior podemos deducir facilmente que en el año 1.554 la cofradía de la Vera Cruz ya estaba instituida en la Parroquia de los Santos Juanes y que ya existía un Cristo en su altar al lado de donde se lee el evangelio, tal como se ha descrito a lo largo de la historia y como la cofradía tiene dispuesto actualmente el Stmo. Cristo de la Villa de Bilbao en el templo. Que este altar era propiedad de la cofradía se ratifica en el artículo 2º: "Ytem ordenamos que en honor y rreberencia de la Sancta Vera Cruz en todos los dias de biernes de todo el año en cada semana se dixese en el dho. altar de la Sancta Vera Cruz una misa rezada..."
Con el artículo 19º se pretende regular una situación que ya venía ocurriendo entre los cofrades habitualmente: “Ytem ordenamos que como se ofrece y suele acaecer entre los hermanos e confrades de la dicha santa confradia podía aber algunos rruidos e inconvenientes…”.
El artículo 24º nos habla de las festividades principales de la cofradía que ya se venían celebrando con anterioridad como era, y sigue siendo, acostumbrado: “Ytem que en el dia de la cruz que es a tres de mayo que se llama la ynbençicon y a catorze de setienbre que es la exaltaçion de la cruz se diga la misa cantada acostumbrada…”
El artículo 31º regula una actuación, dar a la gente las velas acostumbradas, que nos habla de una actividad que no es nueva: “ytem el jueves santo al ençerrar del santisimo sacramento los mayordomos de esta santa confradia fuesen obligados al ençerramiento de dar todo el hornamento necesario e de dar a la gente los candelones acostunbrados…”.
El artículo 33º nos habla de unos actos a los que acude mucha gente por lo tanto no son improvisados, se entiende que son unos actos que cuentan con una cierta tradición y vienen siendo habituales: “ytem ordenamos que por quanto al tiempo que se haga la dicha proçesion el jueves santo suele acontecer de venir mucha gente…”.
Todo lo descrito nos indica que la cofradía fue fundada con anterioridad aunque no se hayan encontrado los documentos que lo acrediten. Sin documentación y sin datos empíricos que marquen una fecha concreta para la institución de la cofradía, comienzan las conjeturas. Numerosos historiadores indican que la fundación real de la Cofradía de la Vera Cruz de Bilbao hay que relacionarla con la llegada a la villa de los padres franciscanos.
Estos llegaron en 1.431 y se ubicaron inicialmente en la vecina anteiglesia de Abando, en la zona de San Mames, su traslado a Bilbao se produce en 1.495 cuando una de las principales familias del Bilbao medieval, los Arbolancha, deciden donar un terreno de su “infanzonado”, antes destinado al cultivo del viñedo, para la construcción de un nuevo Convento. Sin embargo, unos años antes, ya en 1475, la orden mendicante franciscana había solicitado trasladarse desde su emplazamiento original en San Mamés de Abando, a un lugar más cercano al centro neurálgico de la villa por aquel entonces.
A lo anterior hay que sumar la fundación de la Parroquia de los Santos Juanes, debida a una bula de Sixto IV (1.471-1.484), para destinarla a sepultura de los que morían en el hospital que con anterioridad se construyó en Ibeni, hospital donde los cofrades de la Vera Cruz ejercieron labores de asistencia a los enfermos y a los peregrinos del camino de Santiago que pasaban por la villa.
Con todo lo anterior tenemos que imaginar que la Cofradía fue creada bastante antes de 1.554, fecha oficial de su fundación, y tal vez tengamos que remontarnos a los decenios centrales del siglo XV para encontrar luz respecto al verdadero nacimiento de la Cofradía de la Santa Vera Cruz de Bilbao.