Las autoridades civiles abandonan la cofradía
En 1.824 se emprendería la polémica acerca del horario de las procesiones de Jueves y Viernes Santo. Hasta ese año las procesiones salían por la noche, primero los estandartes y las filas de devotos con sus hachas de luz, más tarde los bultos o pasos a hombros de los cofrades vestidos con largas túnicas negras, luego venían los fariseos, que no eran sino soldados romanos, para finalizar, el Ayuntamiento y la música. El 13 de Abril se daría un oficio del Corregidor para que las procesiones se realizaran de día pero habría que esperar todavía unos cuantos años para que esta prohibición se llevara a cabo.
Fue este un siglo de gran agitación social debido a las guerras carlistas, el clero se uniría a los carlistas ultracatólicos frente a una mayoría de bilbaínos que se declararon liberales. Durante las desamortizaciones a la iglesia aplicadas este siglo la cofradía no perdería ningún bien ya que en la villa las iglesias eran de patronato municipal.
En el año 1.855 una epidemia de cólera morbo asola la villa. Tras múltiples rogativas, el 2 de diciembre se saca en procesión a la Virgen de la Soledad y días después se da por concluida la epidemia. Ante este hecho, se realiza un voto de agradecimiento y la cofradía junto al cabildo se comprometen a repetir anualmente esta procesión del 2 de diciembre.
Tras múltiples debates es en 1.893 cuando las procesiones comienzan a celebrarse de día para evitar las irreverencias y profanaciones que se daban escudándose en la oscuridad de la noche. Con esto se plantea el problema de los pasos, ya que la mayoría no se encontraban decentes para sacarlos a la luz. Los pasos son examinados por el arquitecto municipal, el cual afirma que el estado es lamentable, debido al transcurso del tiempo y al poco esmero con el que se han tratado, faltándoles a algunos la extremidades, principalmente los que presentan la escena de el Prendimiento, el Camino de el Calvario y la Coronación por lo que debían ser restaurados. El ayuntamiento aprueba en sesión pública el 18 de enero de 1.893, el informe de la comisión de Gobernación en que se pedía que se accediera a la solicitud del párroco de los Santos Juanes, en nombre de la Cofradía de la Vera Cruz, así pues, el ayuntamiento restauraría los pasos de Semana Santa.
En las últimas décadas del siglo XIX los actos de la Semana Santa paralizaban la vida pública en Bilbao. La Semana Santa, con sus costumbres locales, constituirían una de las fechas anuales que en Bilbao marcaban la vida cotidiana. Las ideas revolucionarias francesas habían calado entre la población a lo largo del siglo decantando a los bilbaínos de la parte liberal, una isla en un territorio vizcaíno mayoritariamente Carlista y defensor de los fueros y las costumbres católicas. Esto daría lugar a los primeros problemas de la Cofradía de la Vera Cruz ya que los bilbaínos con algún tipo de poder se van alejando de ésta poco a poco hasta quedar en un estado lamentable y en manos del clero de la Parroquia de los Santos Juanes.