La Parroquia de los Santos Juanes es la sede canónica de la cofradía de la Vera Cruz de Bilbao desde su fundación en 1.554. En sus inicios se establecía en un templo que actuaba como capilla del hospital de Atxuri, en el que la Vera Cruz realizaba funciones asistenciales hacia los necesitados. Actualmente, la Parroquia, ocupa un precioso templo de estilo barroco-clasicista que está enclavado en pleno corazón del casco histórico bilbaíno y que en su origen fue construido por los Jesuitas como capilla del colegio de San Andrés, transformado hoy en día en el Museo Vasco.

Antiguo templo de los Santos Juanes en Atxuri

La historia de la parroquia comienza con una bula de Sixto IV (1.471-1.484) que autoriza la construcción de un templo en el barrio de Ibeni, o Atxuri, para destinarla a sepultura de los que morían en el hospital anexo, en el que encontraban auxilio los enfermos y los peregrinos del camino de Santiago, que cruzaban la villa de Bilbao en su tránsito hacia Compostela.

En 1.581 se asigna a la parroquia como coto territorial “lo que es jurisdicción de la villa, fuera de los muros, hacia el monasterio de la Encarnación o Zabalbide, con más la calle de Cal, Somera y Artecalle, de puerta a puerta".

Poco sabemos del viejo templo de los Santos Juanes. Debió ser muy modesto, los antiguos grabados apenas definen su estilo. Sabemos que tenía una sola nave y su exterior era de un gótico más sobrio que el cercano templo de San Antón. En la cabecera de la nave se hallaba el presbiterio. al que se accedía por diversas gradas, en él estaba el altar mayor de San Juan Bautista. A ambos lados estaban el altar del Santísimo Cristo de la Villa de Bilbao, al lado del evangelio, y el de Nuestra Señora de la Soledad al lado de la epístola. En el centro de la nave había dos capillas, la de Santa Isabel y la de San Juan Evangelista. Diversas sepulturas se hallaban alineadas a lo largo de los muros, lo mismo que bajo las losas de la nave central.

El templo se encontraba en la vega de Atxuri y fue asolado en innumerables ocasiones por las aguas del Ibaizabal, en sus crecidas esporádicas. A pesar de las sucesivas restauraciones, el antiguo templo de los Santos Juanes, se encontraba en un estado ruinoso, así que en 1.770 se procede a trasladar el culto parroquial al templo que los Jesuitas tenían en la calle La Cruz, y que había quedado en manos del ayuntamiento tras la expulsión de la compañía de los territorios hispánicos, en 1.767.

En 1.797 todavía se habla de la “torre de la iglesia profanada” de los Santos Juanes, convertida en esa fecha en almacén. A principios del S. XIX fue demolida y en su lugar se construyó el nuevo hospital Civil de Atxuri, hoy reconvertido en instituto de formación profesional.

Templo actual de los Santos Juanes en la Calle la Cruz

En 1.522, visitó Bilbao el segundo prepósito general de la compañía, San Francisco de Borja. Predicó diversos sermones en la Iglesia de Santiago y se alojó en el hospital de peregrinos y enfermos de Atxuri, allí como era su costumbre, los cuidó y consoló en sus dolencias acompañado por los cofrades de la Vera Cruz que ejercían allí sus labores asistenciales. Numerosas personas clamaban porque se detuviera a fundar Colegio de la compañía, cosa muy debatida en el Concejo de la Villa.

En 1.600 muere D. Domingo de la Gorgolla, dejando en su testamento una renta de 1.500 Ducados de oro para colegio de los Jesuitas en Bilbao. El 13 de noviembre de 1.604 llegan a la villa cuatro padres y dos hermanos de la compañía, poco después se comienza la construcción del colegio y de la iglesia de San Andrés, hoy Museo Vasco y Parroquia de los Santos juanes respectivamente. Diez años después las obras estaban en su fase final.

La labor desarrollada en el colegio de San Andrés fue muy importante, el culto llegó a su máximo esplendor con motivo del nombramiento de San Ignacio como Patrono de Bizkaia en 1.680, entonces este templo acaparó la atención de todo el Señorío. Otro hecho importante daría gran impulso a la vida religiosa de este templo, la devoción al Sagrado Corazón de Jesús. Fue promovida por el P. Agustín de Cardaveraz, hacia 1.732 su trabajo en pro de la devoción hacia el corazón de Cristo fructificó en la Villa, de esa época es el altar del Sagrado Corazón de Jesús que se conserva en la parroquia, un altar en el que aparece únicamente un corazón, de estilo rococó. En Abril de 1.768 se cerraban las puertas de la iglesia de San Andrés, Carlos III de Borbón expulsaba de sus territorios a los jesuitas "por el bien y seguridad".

Poco tiempo permanecería cerrado este templo. El 24 de diciembre de 1.770 se realizó el traslado del Santísimo desde el antiguo templo de los Santos Juanes de Atxuri al que ocupa actualmente. Junto a la parroquia se trasladó también la cofradía de la Vera Cruz para establecer su sede en el nuevo templo. El 7 de febrero de 1.771 se exhumaron los restos de los sepultados en los Santos Juanes de Atxuri y puestos en ataúdes fueron llevados a la nueva parroquia.