En primer lugar hay que mencionar el Lignum Crucis de la Vera Cruz de Bilbao, una reliquia de la Verdadera Cruz de Cristo, cuya autenticidad viene firmada por el prefecto del "Sacrarii Apostólici", José María Castellani, el 3 de marzo de 1848, y ratificada por el obispo de Vitoria, Carmelus Ballester el 14 de julio de 1947, es conservada por la cofradía y se le rinde culto propio el 14 de septiembre con motivo de la festividad de la Exaltación de la Santa Cruz. Esta reliquia aparece en los inventarios de la cofradía desde los primeros tiempos de su fundación.
El Lignum Crucis se guardaba en un relicario de plata y lapislázuli, de estilo rococó, fechado en 1848, y que actualmente es usado para los cultos en el templo.
En 1.954, con motivo del cuarto centenario de la Cofradía señera de la Villa, el resto de las Cofradías bilbaínas le regalaron un nuevo relicario, también en forma de cruz, de plata repujada y con esmaltes, en los que se representan escenas de la Pasión. La obra fue encargada a los talleres madrileños de Arte Granda. Las 11 cofradías de la época aportaron 42.000 pts. siendo recaudado el resto, hasta las 65.000 pts. que costó, entre instituciones políticas, financieras, económicas y personales de la Villa. El nuevo relicario fue realizado por los Talleres Granda.
Actualmente el Lignum Crucis procesiona sobre un anda, bajo palio, de reciente ejecución y es portada por los niños de la cofradía abriendo las procesiones de Miércoles, Jueves y Viernes Santo. También preside esta reliquia el Vía Crucis, que recorre las Calzadas de Mallona hasta la Basílica de Begoña, el Viernes Santo por la mañana, procediéndose a su adoración en el interior de este templo.
Recibe culto propio el 14 de Septiembre, festividad de la Exaltación de la Santa Cruz.